生物有机肥指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。

微生物菌剂指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂。它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质的作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分吸的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。

复合微生物肥料是指特定微生物与大量元素营养物质和有机质三元复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。

四种肥料的主要功能侧重点不一样:

①有机肥侧重增加土壤有机质，改善土壤肥力；

②微生物菌剂侧重的是微生物，本身并不具备或者具备少量营养成分，且主要用于作为微生物的载体，主要通过依靠微生物的生理代谢活动，促进土壤中有机肥、化肥、矿物质养分的释放，微生物的次生代谢物含有较多的氨基酸、激素类等物质，可以有效地改善作物的品质，提高作物的抗性，同时还可以抑制土壤中有害菌的滋生，调节土壤理化性质。

③生物有机肥是兼具微生物肥料和有机肥效应的产品，既含有功能微生物，也含有一定量的有机质及营养物质。

④复合微生物肥料真正实现1+1+1大于3，是兼具微生物肥料和有机肥再加无机肥效应的产品，既含有功能微生物，也含有一定量的有机质和无机养分。

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