施用微生物肥料能提高土壤肥力，改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，有明显的抑制返盐效果。施用微生物肥料后还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在微生物肥料的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施微生物肥料，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物菌肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，及时施入，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。

粘土地施用微生物肥料的好处：

粘土地一般含有机、无机胶体多，土壤保肥能力强，养分不易流失。但粘土供肥慢，施肥后见效也慢，这种土壤“发老苗不发小苗”，肥效缓而长，土壤紧实，通透性差，作物发根困难。这种土壤施用微生物肥料，通过丰富的有益微生物的活动，改善土壤团粒结构，增加通透性，提高保肥保水能力。这类土壤性质发阴，如施用少量未经腐熟的马粪配合复合微生物肥料和生物有机肥，效果会更好。?粘土保肥能力强，化肥应与复合微生物肥料和生物有机肥配合施用。单独施用化肥，若一次多施尤其是多施氮肥，因养分不易流失，后期肥效充分发挥出来，容易引起作物贪青晚熟，导致病虫害发生和减产。

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